En consecuencia, los tres Mini Cooper y Roger Clark que participaba en otro auto inglés, el Ford Lotus-Cortina y que estaba cuarto, en la clasificación general, fueron descalificados. Las autoridades dieron al Citroën DS21, conducido por los finlandeses Toivonen y Mikander, como ganador, ante el estupor generalizado, esta descalificación es uno de los mayores escándalos en la historia internacional del rally, hasta hoy se escribe y comenta al respecto.

En septiembre de1967 apareció el MKII en reemplazo del MKI, pero los cambios incluidos fueron principalmente cosméticos.

La BMC, no podía dejar las cosas así, en 1967 volvió a Francia por la revancha y la logró, Rauno Aaltonen ganó nuevamente el Rallye Monte Carlo, logrando la tercera victoria oficial, este éxito tuvo para los ingleses el dulce sabor de la venganza.

Ganador Montecarlo 1967

En 1968, la aparición de otros dos autos míticos, el Ford Escort y el Porsche 911 sacaron a los Mini de los primeros lugares. Ese año en Monte Carlo, 3 Mini Cooper S, en desigual lucha , llegaron 3er 4to y 5to puestos , la época dorada de los Mini Cooper, había llegado a su fin.

Desde su aparición en 1959 hasta 1970, los Mini y en especial Mini Cooper, ganaron innumerables rallys y muchísimas pruebas de circuito.

Precisamente hacia fines de 1968, año en al que el Ford Escort desplazaría al Mini Cooper, la British Motor Company se fusionó con la Leyland, y empezó una radical reducción de costos, el Mini Cooper se vería afectado por las nuevas políticas, la producción del Cooper 998 cc se detuvo en noviembre de 1969, después de haber producido de 55,760 vehículos, sin duda fue el más vendido de todos los Cooper. La reducción de costos afectaría también al Cooper 1275cc S y a la larga determinaría su desaparición. Esto ocurrió con la aparición del Cooper MK3 , su carrocería lo hacía muy semejante a los minis normales, de hecho tenía que competir con el Austin Mini 1275 GT, fue el comienzo del fin, en junio de 1971 la producción del Mini Cooper 1275 S MKIII cesó, se construyeron un total de 1570 automóviles.